Thượng Kinh Ký Sự được in ở phần cuối bộ Y tông tâm lĩnh như một phụ lục, ghi chép lại chuyến đi của Hải Thượng Lãn Ông từ Hà Tĩnh lên Thăng Long chữa bệnh cho thế tử Trịnh Cán. Đây là một tác phẩm văn học rất có giá trị được viết bằng chữ Hán.
Thượng kinh ký sự được viết vào thập niên 80 của thế kỷ XVIII ( năm 1781) – một giai đoạn rối ren của triều đình phong kiến Lê Trịnh trước khi vua Quang Trung tiến quân ra Bắc Hà. Tác giả kể lại cuộc hành trình của mình từ Nghệ Tĩnh về Thăng Long để chữa bệnh cho Chúa Trịnh do tiếng tăm lừng lẫy của một đại danh y. Thượng kinh ký sự cũng ghi lại thời gian sống ở kinh thành với biết bao biến động, và thổ lộ tấm lòng một vị danh y mong thoát khỏi vòng công danh phú quý, trở về với núi cũ non xưa.
Với tập sách này, Lê Hữu Trác đã cho thấy ông không chỉ là một thầy thuốc lừng danh, mà còn là một nhà văn lỗi lạc. Ngoài giá trị văn học, tập ký sự còn là một sử liệu vô giá, ghi lại trung thực cảnh sống đối nghịch giữa một bên là lầu son gác tía của cung Vua phủ Chúa, một bên là nhân dân đói kém, lầm than. Lấy hiệu là Lãn Ông – ông già lười biếng, nhưng tập ký cũng chỉ ra cho ta thấy Lê Hữu Trác chỉ thờ ơ với vòng danh lợi, còn ngoài ra ông vẫn thiết tha với vận mệnh con người, sống đức độ và yêu đời. Chính học vấn uyên bác và đức độ của ông đã cảm hóa được lớp nho sĩ đương thời, và vẫn rất gần gũi với chúng ta hôm nay.
Sách có giá trị học thuật, phù hợp sử dụng trong nhà trường và dành cho những bạn đọc quan tâm đến mảng văn học này.